«کوه خواجه سیستان» نمونه‎ای از معماری خشتی در منطقه سیستان است که از دوره پارتیان بر جای مانده است.  همچنین سازه‎های باستانى و طبیعی مربوط به دوره‌هاى مختلف تاریخی نیز در این منطقه باستانی به چشم می‎خورند که از جمله آن‎ها مى‌توان به «مقبره خواجه مهدى بن محمد بن خلیفه»، «خواجه قلتان» و «پیر گندم بریان» اشاره کرد. همچنین آثاری برجای مانده از اقوام سکایی نیز دوره‎های قدیمی‎تر کوه خواجه را تشکیل می‎دهند. همچنین در کوه خواجه دیدن «کهن دژ»، «کک کوهزاد» و «قلعه کافران» را نباید از یاد برد.

مجموعه کوه خواجه برای نخستین بار در سال ۱۹۱۶‪ میلادی توسط باستان‌شناس معروف انگلیسی به نام «اورل اشتاین» کشف شد. پس از آن «هرتسفلد»، ایرانشناس آلمانی در سال‌های ‪ ۱۹۲۵تا 1929 میلادی کار حفاری در کوه خواجه را ادامه داد.

نتیجه این کاوش‎های باستان شناختی، کشف محوطه‎ای مربوط به دوره پارینه سنگی نو کشف شد. با شناسایی این محوطه‌، کوه خواجه هم در زمره محوطه‎هایی قرار گرفت که اشیایی با این قدمت در آن کشف شده است.  

تزیین‌های معماری به کار رفته در برخی قلعه‌های کوه خواجه به هنر سبک یونانی شبیه است. به خصوص سر ستون‌های مارپیچ و همچنین گل کوچک پرپر شبیه به نیلوفر که بسیار شبیه به نمونه‎های هخامنشی هستند.

از جمله بخش‎های این محوطه باستانی می‎توان به اتاق مخصوص طواف، آتشدان و همچنین رواق‌های نقاشی شده نام برد.

از جمله نقاشی‎ها، تصویر سه مغ است که همراه با نقش خدای «اُروس» یا خدای پیروزی که سوار بر یک اسب است، به همراه نقش شاه و ملکه و بزرگان پارتی به چشم می‎خورند.

ناگفته نماند که دو نقش برجسته گلی با تصویر سه سوار بر اسب در حال حرکت در پشت هم و دیگری تصویر یک شیر در کوه‌ خواجه و قلعه‌های موجود در آن، دیوارهایی با ارتفاع ‪ ۴۰ متر که با خشت ساخته شده با قدمت بیش از هزار سال هم کشف شده‌اند. درنهایت کوه خواجه در سال 1345 خورشیدی توسط وزارت فرهنگ و هنر با شماره 540 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید

.