نمای اصلی مدرسه محمد امین خان دارای یک مناره عظیم و کم ارتفاع است. آنها قرار بود منطقه اصلی شهر را در دروازه غربی ایچان قلعه با مناره و مدرسه تکمیل کنند. این مناره قرار بود در صورت تکمیل شدن به بزرگترین مناره آسیای مرکزی تبدیل شود. مناره ناتمام با قطر پایه 14.2 متر باید طبق نقشه آن 70 تا 80 متر ارتفاع می‌داشت. قطر در نظر گرفته شده با ارتفاع به شدت کاهش می‌یافت که می توانست مناره را قوی‌تر کند. اما ساخت و ساز در ارتفاع 29 متری متوقف شد و به همین دلیل نام کلتا منار (یا مناره کوتاه) به آن اختصاص یافت.

این مناره به دلیل دکور منحصر به فرد و ناقص بودن آن به خوبی مورد توجه قرار گرفته است. کلته منار یک مناره منحصر به فرد است که کاملاً با کاشی لعابدار پوشیده شده است. محمد امین خان می‌خواست مناره مدرسه بزرگتر از هر چیزی باشد که قبلاً در خوارزم ساخته شده بود. او به مردم دستور داد تا در مدت دو سال برای ساخت این بنا به صورت رایگان کار کنند. طبق افسانه یکی از اربابان که از انجام وصیت خان امتناع کرده بود، زنده زنده غرق شد. این برج ناتمام ماند و در چنین شرایطی امروزه به عنوان یک سازه منحصر به فرد در آسیای مرکزی باقی مانده است. اما بنا به گفته مورخ خیوه در آن زمان، ساخت و ساز به دلیل مرگ خان در سال 1855 به پایان نرسیده است. در روایات دیگر آمده است که امیر بخارا با اطلاع از ساخت مناره منحصر به فرد در خیوه، می خواست همان مناره را در بخارا بسازد. امیر با استاد موافقت کرد که به محض اتمام در خیوه آن را بسازد. خیوان خان که از این نقشه‌ها مطلع شد، بلافاصله پس از اتمام ساختمان، دستور اعدام استاد را صادر کرد. وقتی این خبر به استاد رسید، در حالی که مناره را ناتمام رها کرده بود، فرار کرد. در تور گروهی ازبکستان و تاجیکستان از این اثر تاریخی بازدید خواهیم کرد.