بنا به دستور امیر اسماعیل خان شوکت الملک، بنای باشکوهی در سال 1312 هجری قمری در شهر بیرجند سر برآورد. هدف از ساخت این بنا، برپایی مراسم عزاداری سید و سالار شهیدان، حضرت اباعبدالله الحسین (ع) بود. اما 14 سال بعد، در سال 1326 هجری قمری، برادر امیر اسماعیل خان، یعنی ابراهیم خان شوکت الملک، تصمیم به تغییر کاربری این بنا گرفت. او با الهام از مدرسه دارالفنون در تهران، مدرسه شوکتیه را به عنوان یکی از اولین مدارس آموزش علوم نوین در ایران تاسیس کرد.

مدرسه شوکتیه، پس از دارالفنون و مدرسه ابتدائی رشدیه تبریز، سومین مدرسه از نوع مدارس جدید در ایران محسوب می شد. امیر اسماعیل خان که فرزندی نداشت، یک سوم اموال خود را وقف امور خیریه کرد و تولیت آن را به برادرش محمد ابراهیم خان واگذار نمود.

محمد ابراهیم خان علم، معروف به شوکت الملک دوم، پس از سفر به تهران و دریافت مقام حکمرانی و امارت قاینات، تصمیم به استفاده از موقوفه مذکور برای ایجاد فضای آموزشی گرفت. او که تحت تاثیر اقدام امیر کبیر در تاسیس مدرسه دارالفنون بود، در سال 1285 شمسی، در محل حسینیه شوکتیه که توسط برادرش ساخته شده بود، اقدام به تاسیس مدرسه شوکتیه نمود.

محمد امیر خان برای تشویق افراد به تحصیل در این مدرسه، برای محصلین بی بضاعت و خانواده آنها کمک های نقدی و جنسی در نظر می گرفت. همچنین آیت الله شیخ هادی هادویکه، از علمای طراز اول آن زمان، با اعزام تنها پسر خود به این مدرسه، در ذهن و فکر مردم اثری عمیق بر جای گذاشت و کار مدرسه رونق گرفت.

پیش از تاسیس مدارس به سبک جدید، تعلیم و تربیت به عهده مکتب خانه ها بود که افراد روحانی نقش موثری در آنها داشتند. مدرسه شوکتیه ابتدا به صورت مدرسه ابتدایی بود که پس از مدتی دبیرستان شوکتیه نیز به آن افزوده شد. حقوق معلمان این مدارس نیز از بودجه حکومتی سالانه به صورت نقدی و جنسی پرداخت می شد.

در سال 1301 شمسی، مدرسه نسوان امارت قلعه افتتاح شد و سپس در سال 1303 شمسی در دوره دوم دبیرستان دانش آموز پذیرفت. شوکت الملک دوم و همچنین روحانی خوش نام محلی شیخ محمد موحد برای تشویق مردم و جذب بیشتر دانش آموزان، دختران خود را به این مدارس فرستادند. در سال 1301 به منظور تصریح در دخترانه و پسرانه بودن، مدارس پسرانه به "شوکتی" و دخترانه به "شوکتیه" نامگذاری گردید. همچنین دبیرستان پسرانه شوکتی در سال 1303 شمسی از دبستان جدا شد.

مدرسه شوکتیه به سبک معماری کویری ایران به صورت چهار فصل ساخته شده است. این بنا از یک فضای مرکزی به صورت حیاط و بخشی پیوسته دور تا دور آن تشکیل شده است. حیاط بخش عمده ای از بنا را دربر می گیرد که با آجر فرش شده است و در میان آن حوضی قرار گرفته که در وسط آن سکویی به ارتفاع حدود 30 سانتی متر قرار دارد.

سردر ورودی بنا با طاق جناقی دارای تزئینات مقرنس می باشد. این بنا تک ایوانی است که ایوانی بلند و باشکوه دارد و از اجزا و عناصر معماری ایرانی از قبیل ورودی، هشتی، دهلیزها، ایوان، حجره های اطراف حیاط، شاه نشین و حمام تشکیل شده است.

مدرسه شوکتیه با بهره گیری از حیاط مرکزی به بهترین نتایج از نظر تنظیم عملکرد و فراهم آوردن شرایط محیطی متعادل دست یافته است. در این بنا یک کلاه فرنگی زیبا در میان گنبد تالار شوکتیه وجود دارد که با رسمبندی زیبایی تزئین شده است. همچنین مقرنس ها، گچ بری ها و آجرکاری های بسیار زیبایی در این بنا به چشم می خورد.

امروزه، مدرسه شوکتیه به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است و به عنوان موزه مورد استفاده قرار می گیرد. این بنا یادگاری از دوران قاجار و نمادی از تلاش