یزد شهری در دل کویر و نگین آن است. به شهر بادگیرها و دوچرخه‏ها نیز معروف است. چند سالی است ثبت جهانی شده و گسترده‎ترین بافت قدیمی و تاریخی را در خود دارد که با نام محله فهادان شناخته می‌شود. محله‎ای با سنگفرش‏ها و دیوارهای کاهگلی، با ساباط‎هایی که سایه‏سار رهگذران است و کوچه‏های تنگ‌آشتی‎کنان که قدم زدن در آن، حال خوبی را نصیب‎تان می‏کند.

در همین بافت قدیمی، در کوچه پس کوچه‏های کاهگلی، آثار تاریخی زیادی قرار دارند که رفتن و دیدن آن‏ها یک روز کامل زمان می‏برد. حمام خان، حسینه فهادان، بقعه دوازده امام، خانه لاری‏ها، مسجد جامع و زندان اسکندر در همین بافت قدیم هستند.

کنار بقعه دوازده امام، آن‎جا که حسینه بزرگ فهادان است، ساختمانی خشتی قرار دارد، ساده و بی نقش و نگار که به آن زندان اسکندر می‎گویند.

در روایت‏ها آمده است بعد از فتح ایران توسط اسکندر، وی در یزد قلعه‎ای ساخت با سیاه‎چالی مخوف برای زندانیان و اسیران ایرانی، از آن زمان به بعد این مکان به زندان اسکندر معروف شد. اما عده‏ای دیگر آن را افسانه می‏خوانند و معتقدند که بانی این بنا ضیاء‎الدین حسین رضی از بزرگان شهر و نزدیکان شیخ رشید‏الدین فضل‏الله وزیر اُلجایتو بوده است. وی در سال 631 هجری قمری شروع به ساخت کرد و در نهایت این بنا توسط دو پسرش مجدالدین حسن و شرف‌الدین علی به سال 705  هجری قمری تکمیل شد و به مدرسه ضیائیه معروف گشت.

عده‏ای هم معتقدند که این بنا خرابه‏ای از خانه خاندان رضی بود که به مدرسه تبدیل شد و بعدها بقعه این خاندان گردید. اما وجود حجره، شبستان، محراب، زاویه، گنبد و مناره نشان از مکانی دارد که هم محل درس و بحث بوده و هم محل عبادت.

وارد حیاط این مدرسه که می‎‎شوید سه ایوان را مشاهده می‎کنید که در جهت جنوب، شمال و غرب قرار گرفته‌اند. کارشناسان معتقدند که این بنا تحت تاثیر معماری سلجوقیان چهار ایوان داشته که ایوان شرقی آن با گذشت زمان فرو ریخته و از بین رفته است. ایوان غربی از دو ایوان دیگر بزرگ‎تر است، محراب گچی در این ایوان قرار دارد. ایوان شمالی در تابستان‏ها بیشتر مورد استفاده واقع می‎شده چرا که این ایوان،‎ ایوان زیر بادگیر است.

در وسط این حیاط چاهی وجود دارد به قطر دو متر و عمق حدود 5 متر که با پنجره‎ای آهنی پوشیده شده است. آن‏چه که به چشم می‎آید سیاهی مطلق است، از این جهت به آن سیاه‎چال اسکندر می‎گفتند. این چاه عمیق در واقع پایابی بوده است که شما می‌توانید با 38 پله قطور و تنک به آن برسید. پایابی خنک با حوضی پر آب و نیمکت‏هایِ مفروش شده با زیلوی میبدی مکانی ‎است برای در امان ماندن از گرمای سخت تابستانِ یزد.

مدرسه ضیائیه دارای دو منار بلند، و گنبدی به ارتفاع 18 متر است. گنبدی که در زمان خود از گنبدهای شاخص دوران اتابکان بوده است. از قدیمی‌ترین قسمت‎های این بنای کهن همین گنبدخانه است، پلانی مربع شکل دارد با اضلاع 8/8 متر و در دوطبقه ساخته شده است. گنبد و تمام اجزای این بنا از خشت و گل و در بعضی قسمت‌ها از آجر استفاده شده است. مثلا دور تا دور ساقه گنبد، قطاربندی زیبایی از آجر وجود دارد. استاد پیرنیا معتقد است که پوسته روئین گنبد آجری است. زیبایی این بنا در همین سادگی است، این‏که به رنگ خاک، بی هیچ تزئین و کاشی‎کاری در وسط محله‌ای قدیمی سر بر آورده است.

داخل بنا روی دیوارها آستر کاهگلی کشیده شده اما متاسفانه یا تخریب شده و ریخته‎ و یا موریانه آن را خورده است. تمام دیوارها همین است و بدون هیچ دستی برای کمی نوازش، طبله و سوراخ شده است. 

دور تا دور سقف کتیبه‎ای با رنگ لاجوردی به متن آیت‌الکرسی وجود دارد که بیشتر آن از بین رفته و جز قسمت کمی از آن باقی نمانده است. همچنین کتیبه‎های تک عبارتی به رنگ لاجوردی در طاق نماها به چشم می خورد با عبارت‎هایی چون «الحمدالله»، «الثنا الله» و مانند آن که از آن‏هم تعداد کمی بر جا مانده است. در قسمت شمال و شمال‎غربی فضای گنبدخانه دو در مشبک زیبای چوبی از جنس چنار قرار دارد که قدمتی طولانی ندارد و در مرمت‏های سال 1370 به بنا اضافه شده‌اند.

زندان اسکندر یا مدرسه ضیائیه در سال 1346 با شماره 770 به ثبت آثار ملی ایران رسیده است.